记录LAMMPS的编译过程，方便自己使用。
基本需求
建议使用最新版本，新版本会修复很多bug，没有什么某个特定版本最好用一说。
安装编译环境
我一般用的Ubuntu，所以直接
sudo apt-get install gcc g++ gfortran make
安装fftw
准备
下载*.tar.gz文件至服务器上，解压并进入解压后的文件夹
tar -zvxf fftw*.tar.gz
cd fftw*
配置安装位置及安装
一般用户的库最好放在/usr/local目录里，我喜欢按库名及版本号分别命名下级文件夹，方便版本管理，即放在/usr/local/库名/版本号下，
比如这次放在/usr/local/fftw/3.3.8
sudo ./configure --prefix=/usr/local/fftw/3.3.8 --enable-shared=yes
sudo make -j4 #(这是并行编译，4为编译的线程数，可以加快编译速度)
sudo make install
等待安装完成。
配置路径
修改~/.bashrc文件，将类库安装文件夹下的bin和lib文件夹加入路径中。
#My Path
export PATH=$PATH:/usr/local/fftw/3.3.8/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/fftw/3.3.8/lib
在PATH和LD_LIBRARY_PATH添加相应路径，如果没有，则把以上内容都加上去。
修改完后，使用
source ~/.bashrc
使路径生效
安装mpich
准备
下载*.tar.gz文件至服务器上，解压并进入解压后的文件夹
tar -zvxf mpich*.tar.gz
cd mpich*
配置安装位置及安装
基本思想与上面一样，这里只列出命令
sudo ./configure --prefix=/usr/local/mpich/3.3.2 --enable-shared=yes
sudo make -j4 #(这是并行编译，4为编译的线程数，可以加快编译速度)
sudo make install
配置路径
#My Path
export PATH=$PATH:/usr/local/fftw/3.3.8/bin:/usr/local/mpich/3.3.2/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/fftw/3.3.8/lib:/usr/local/mpich/3.3.2/lib
修改完后，使用
source ~/.bashrc
使路径生效
用
which mpirun
检查一下，如果给出的是刚才路径下的bin文件夹，则修改成功。
安装lammps
准备
下载*.tar.gz文件至服务器上，解压并进入解压后的文件夹
tar -zvxf lammps*.tar.gz
cd lammps/src/MAKE*
安装配置
在上面进入的路径下寻找Makefile.mpi文件，对其进行修改。如果该路径下没有这一文件，就去下一级的MACHIES里复制一个过来。
在对于位置填上fftw和mpich的相关路径，最终效果如下
# MPICH
MPI_INC = -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1 -I/usr/local/mpich/3.3.2/include
MPI_PATH = -L/usr/local/mpich/3.3.2/lib
MPI_LIB = -lmpi -lmpl -lpthread
# FFTW
FFT_INC = -DFFT_FFTW3 -I/usr/local/fftw/3.3.8/include
FFT_PATH = -L/usr/local/fftw/3.3.8/lib
FFT_LIB = -lfftw3
# JPEG一般用不到，直接注释掉
#JPG_INC =
#JPG_PATH =
#JPG_LIB =
切换用户
lammps 需要使用root用户进行安装
sudo su
切换至root用户。
将上面的fftw及·mpich的路径同样添加在/root/.bashrc中，方法同上。
安装时出现
mpicxx:cammond not found错误的可能是没做这一步。
编译
修改完后，返回src文件夹，进行编译
cd ..
make yes-all #安装所有包
make no-lib #取消安装需要外链的包
make mpi -j40
成功的话src路径下会有一个lmp_mpi可执行文件
版本管理
执行到上一步其实lammps已经可以用了，但为了我们使用的方便，有时需要多个编译版本同时存在，这就需要我们对可执行文件进行版本管理。
我的方法是将lammps可执行文件放到同一个文件夹下，我习惯放在/opt/lammps里。
然后按lmp_LAMMPS版本号_编译版本说明重命名
如此次
sudo cp ./lmp_mpi /opt/lammps/lmp_3Mar20_std #std 在我这里指没有任何附加文件，按yes-all+no-lib编译出来的版本
然后把对应的路径加入环境变量中
export PATH=$PATH:/usr/local/fftw/3.3.8/bin:/usr/local/mpich/3.3.2/bin:/opt/lammps
大功告成
可能出现的问题及解决
mpicxx:cammond not found
- 见上方
切换用户部分 - 在安装
fftw及mpich时加上配置--enable-shared=yes - 将
fftw及mpich安装至lammps的默认目录，即/usr/local/
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最后编辑时间为:2021-03-05 16:37:23